Минисателлиты DAT-3'VNTR и 5-HTT-LPR

По заказам трудящихся до формата готовых наборов доведены два новых-старых минисателлитных локуса

Отрадно, что некоторые отечественные Центры лечения наркомании, алкоголизма и игромании приоритетным, обязательным и первичным этапом лечения считают установление генотипа пациента по панели полиморфных локусов отдельных важных генов. Делается это для понимания индивидуальных особенностей каждого пациента, на уровне наличия аллелей повышенного риска или, наоборот, протективных (понижающих риск) аллелей. Таким образом, курс реабилитации подбирается именно индивидуально, с учётом особенностей метаболизма, обусловленных генетическими факторами.

Подробнее об этом направлении диагностики можно узнать непосредственно в таких реабилитационных центрах, например – в IMC Addiction.

В целом, панель исследуемых генов (полиморфных локусов) межлабораторно может существенно варьировать, в зависимости от технической оснащённости конкретной лаборатории. Однако гены переносчиков дофамина (DAT) и серотонина (гидрокситриптамина, HTT) в настоящее время входят в любые такие панели.

Другое дело, что генотипирование именно полиморфных минисателлитных локусов (в данном случае – DAT-3'VNTR и 5-HTT-LPR) является практически штучным товаром, поскольку не поддаётся автоматизации методами ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) или генотипирования с использованием чипов. А требуется именно уверенная электрофоретическая детекция или секвенирование.

Несмотря на относительную простоту этих двух тест-систем именно в электрофоретическом формате детекции, нам даже в 2019 году встречались случаи неправильного генотипирования отдельных пациентов в сторонних лабораториях: наблюдалась потеря (выпадение) одного из аллелей, то есть ложная гомозиготность. В этой связи существенно, что оба минисателлита являются относительно GC-богатыми по составу матрицы (>65%), что как бы намекает на потенциальную капризность этих тест-систем.

В соответствующих описаниях к наборам (DAT-3'VNTR и 5-HTT-LPR) указаны генотипы для различных референсных ДНК. Естественно, созданы и служебные файлы для расчётов при идентификации личности и установлении родства с использованием этих маркёров. Файлы содержат эталонные частоты аллелей для трёх разных популяций.

Кстати, о весьма существенной роли именно маркёров с полиморфизмом длины (INDEL и VNTR) в полногеномном поиске ассоциаций (genome-wide association studies, GWAS) можно почитать дополнительно в специальной литературе. Например, вот в этой статье:

Say Y.H. (2017) The association of insertions / deletions (INDELs) and variable number tandem repeats (VNTRs) with obesity and its related traits and complications. PMID: 28615046.

Ну а поскольку музыкальная пауза про дофамин уже была ранее, то теперь будет клип про серотонин: