Искать

Наборы реагентов ТОПОТИЛИ (ТОчечные ПОлиморфизмы для ТИпирования ЛИчности) предназначены для использования в клинико-диагностических, научно-исследовательских, медико-генетических и судебно-медицинских лабораториях в формате только для исследовательских целей (research use only).

Наборы предназначены для определения методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) аллелей в различных полиморфных локусах генома человека (точечные замены, SNPs, а также полиморфные маркёры типа вставка-отсутствие вставки, INDEL). Наборы позволяют исследовать биологический материал человеческого происхождения различной природы.

Наборы ТОПОТИЛИ по своей сути являются развитием и ответвлением наборов ТАПОТИЛИ (ТАндемные ПОвторы для ТИпирования ЛИчности) в направлении более широкого и комплексного генотипирования человеков. Речь идёт о полиморфных генетических маркёрах, ассоциированных с различными социально-значимыми заболеваниями, фенотипическими чертами и/или патологическими синдромами человека.

Однако просим Вас не путать между собой наборы ТАПОТИЛИ и ТОПОТИЛИ: между ними примерно такая же разница, как между АПТЕКОЙ и ОПТИКОЙ.

Результаты генотипирования нескольких определённых полиморфных локусов, объединённых в специальные группы, позволяют проводить обоснованную количественную оценку генетического риска возникновения и развития определённого заболевания. Или напротив, в результате такого комплексного генотипирования может быть сделан вывод о наличии протективного комбинированного генотипа и, как следствие, низкой вероятности развития интересующей патологии.

Важно понимать, что при любом выявленном комбинированном генотипе риск развития заболевания для обследуемого лица является величиной относительной. Это означает, что даже при высоком рассчитанном риске обследуемый человек может вовсе и не заболеть этой болезнью. Результаты расчётов относительного риска следует трактовать следующим образом: во сколько раз риск развития заболевания у обследуемого лица выше (ниже), чем в среднем для населения?

Практически для каждого из социально-значимых заболеваний и осложнений может быть разработана своя панель "актуальных" полиморфных локусов. В среднем, в каждую панель включены 5-10 маркёров, исходя из их расположения в генах, потенциально вовлечённых в развитие интересующего заболевания. Выбор полиморфных локусов основан на знании их функциональной значимости и результатах нескольких ассоциативных исследований, в том числе на российских популяциях. По мере поступления новых результатов научных исследований, спектр анализируемых генетических маркёров расширяется и трансформируется.

К настоящему времени в нашей лаборатории разработаны наборы реагентов для генотипирования более чем 100 полиморфных маркёров генома человека. В краткой таблице ниже приведены три десятка наиболее "популярных" генов. Список упорядочен по хромосомной локализации локусов.

Ген
(полиморфизм)
Хромосомная локализация Reference SNP   Число аллелей Формат детекции (*)
CASQ2 (UTR-3)
1p13.1 rs7521023  
2
ПДРФ, секвенирование
GSTM1
1p13.3    
2
ЭФ
TNFRSF1B
1p36.22 rs5745946  
2
ЭФ
APOB
2p24.1  
2
ЭФ
IL1A (-889, exon 1)
2q14.1  
3
ПДРФ, секвенирование
IL1B (-511, exon 5)
2q14.1 rs16944
rs1143634
  2
2
ПДРФ, секвенирование
CCR5
(delta32 и другие, exon 3)
3p21.31
 
2
2
2
2
2
ЭФ, ПДРФ, секвенирование
CCR2 (Val64Ile)
3p21.31
 
2
ПДРФ или
AS-ПЦР
PDCD6IP (I/D)
3p22.3
 
2
ЭФ
PPARGC1A (Gly482Ser) 4p15.2 rs8192678   2 ПДРФ
NFKB1 (-94I/D) 4q24 rs28362491   2 ЭФ
CSF1R (c-FMS) 5q32 rs2236776
rs2236777
rs180988739
rs60338145
rs41334145
rs41467747
rs41508850
rs4705414
rs11740298
rs6874642
rs386693509
rs3216780
rs41497048
 

2
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2

секвенирование
VEGFA
(nearGene-5)
6p12 rs833061
rs756737049
 rs769792214
rs761662885
  2
2
2
2
ЭФ, ПДРФ, секвенирование
NOS3
(T-786C, G894T)
7q36.1
  2
2
ПДРФ,
секвенирование
SMARCA2 (I/D)
9p24.3
 
2
ЭФ
DBH
9q34.2
 
2
ПДРФ
CXCL12 (SDF1-3'A)
10q11.21
 
2
ПДРФ
RET (intron 19)
10q11.21
 
2
ПДРФ
TFAM (Ser12Thr)
10q21.1
 
2
ПДРФ
ACTN3 (R577X)
11q13.2
 
2
ПДРФ
UCP2 (Ala55Val)
11q13.4
  2
ПДРФ

ANKK1 (DRD2*A, Glu713Lys)

11q23.2  rs1800497   2 ПДРФ
DRD2*B (intron 1)
11q23.2
 
2
ПДРФ
DRD2*D (intron 2)
11q23.2
 
2
ПДРФ
CD3G (I/D)
11q23.3
 
2
ЭФ
VDR (Ile352Ile) 12q13.11  
2
ПДРФ
MDM2 (I/D) 12q15  
2
ЭФ
ATP2A2 (exon 18, intron region) 12q24.1   2 ПДРФ, секвенирование
BRCA1 17q21
C61>G
185delAG
3819delGTAAA
3875delGTCT
4153delA
5382insC
    ПЦР-РВ, секвенирование
ACE (Alu I/D)
17q23.3  
2
ЭФ

TGFB1, B9D2

19q13.1  
2
2
ПДРФ, секвенирование
GSTT1 (I/D)
22q11.23  
2
ЭФ
PPARA (intron 7 C/G) 22q13.31  
2
ПДРФ
F9 (intron 4) Xq27.1  
2+
ПДРФ
USP9Y (M172)
Yq11.21  
2
секвенирование
EIF1AY (M267, M285)
Yq11.223  
2
2
13
(# 17-29)
 
ГВС1, ГВС2, ГВС3
(HV1, HV2, HV3)
mt-DNA
позиции 15898-16569, 001-619,
различные варианты комплектации наборов
секвенирование

(*) AS-ПЦР = аллель-специфичная ПЦР; ПДРФ = полиморфизм длин рестриктазных фрагментов; ЭФ = электрофорез.

Все наборы доступны в монолокусном формате, детекция продуктов ПЦР осуществляется электрофоретически (в агарозе или ПАГ). Возможен мультиплексный формат наборов, а также для детекции в режиме ПЦР-РВ (реального времени).

Также мы предлагаем Вам услуги по разработке наборов реагентов для генотипирования любых полиморфных локусов геномов человека и животных. По согласованию с заказчиком осуществляется выбор формата детекции. Проводится подбор праймеров, оптимизация условий ПЦР, генотипирование контрольных образцов. Срок выполнения - от 30 рабочих дней.

Наборы для электрофореза

Для партнёров, использующих электрофоретические методы детекции, мы предлагаем готовые наборы как для агарозных (горизонтальный электрофорез), так и для полиакриламидных гелей (вертикальный электрофорез).

  • Готовые агарозные гели, производимые "ООО ИзоГель", предназначены для электрофоретического разделения небольших (до 1500 пар нуклеотидов) фрагментов ДНК. Они могут применяться для учёта результатов ПЦР в диагностических лабораториях, выделения и очистки фрагментов ДНК для клонирования и секвенирования, рестрикционного анализа, очистки синтетических олигонуклеотидов и т.п. Эти гели можно успешно использовать для анализа всех минисателлитных локусов, входящих в наборы ТАПОТИЛИ.

  • Наборы для постановки полиакриламидных гелей (ПАГ) предназначены для электрофоретического разделения фрагментов ДНК в гораздо более широком диапазоне: от 5 до свыше 3000 пар нуклеотидов (п.н.). При этом разрешающая способность ПАГ позволяет уверенно разделить между собой фрагменты ДНК, различающиеся по длине лишь на 1 (одну) п.н., что недостижимо в агарозных гелях.
    Наборы включают все необходимые реактивы для заливки ПАГ и проведения электрофореза. Процентность поставляемых растворов акриламид-бисакриламид адаптируется под те размеры фрагментов ДНК, которые необходимо эффективно и максимально быстро разделить в конкретной экспериментальной задаче. Для анализа всех микросателлитных локусов входящих в наборы ТАПОТИЛИ, поставляется готовый раствор акриламид-бисакриламид в соотношении 19:1 (5%С), 10%Т.
    При необходимости наборы для ПАГ адаптируются для проведения электрофореза в денатурирующих условиях, а также SSCP-анализа (конформационный полиморфизм).

  • Наборы для окраски ПАГ серебром включают все необходимые компоненты, достаточные для прокраски 10, 20 или 50 гелей. В зависимости от собственных предпочтений, можно выбрать любой из трёх способов окраски, описанных в инструкции к наборам ТАПОТИЛИ.

  • Для окраски любых гелей предлагаются также концентрированные растворы бромистого этидия или SYBR Green I (включая отечественные аналоги), достаточные для прокраски 20-40 ПАГ размером 15x25 см или 60-100 агарозных гелей размером 6x8 см.
    Краситель SYBR Green I является весьма чувствительным флуоресцентным индикатором двухцепочечной ДНК. Он применяется для прокраски как агарозных гелей, так и неденатурирующих ПАГ, содержащих двухцепочечную ДНК. По сравнению с бромистым этидием SYBR Green I имеет важное преимущество в существенно большей чувствительности. Предел обнаружения двухцепочечной ДНК на геле для SYBR Green I составляет 1-2 нанограмма на полосу для коротких синтетических олигонуклеотидов и до 20 пикограмм для высокомолекулярной ДНК.

Наборы для выявления инфекционных возбудителей

Для партнёров, которым по-прежнему удобно работать именно с нами, мы продолжаем поставку наборов реагентов для выявления любого спектра инфекционных возбудителей для любого метода детекции. Из собственных разработок сохраняются только эти:

  • Staphylococcus aureus, epidermidis (стафиллококковая инфекция)
  • Streptococcus pneumoniae, pyogenes (стрептококковая инфекция)

Инструкции, описания
(при отсутствии активной гиперссылки высылаются по запросу)

  • Инструкция к наборам реагентов для выделения ДНК, четыре различных варианта выделения ДНК
  • Инструкция к наборам реагентов на стафилококковые и стрептококковые инфекции (pdf-документ, 273K)
  • Инструкция по приготовлению агарозных гелей
  • Инструкция по использованию готовых (пред-залитых) агарозных гелей
  • Инструкция по приготовлению полиакриламидных гелей
  • Инструкция по использованию готовых (пред-залитых) полиакриламидных гелей
  • Инструкция по окраске полиакриламидных гелей солями серебра
  • Инструкция по окраске гелей красителем SYBR Green I

 

Дополнительная информация